Sơn dương núi Pakistan là con mồi của nhiều loài động vật ăn thịt như báo tuyết, gấu, linh miêu, chó rừng, sói xám và đại bàng vàng[10][13]. Trong khi không trực tiếp gây ra sự đe dọa cho loài, nhưng số lượng nhỏ sơn dương đang bị đe dọa bởi động vật săn mồi quen thuộc.[26] Săn bắt động vật như một phương tiện sinh sống hoặc kinh doanh động vật hoang dã đã bổ sung thêm vào các vấn đề phát triển cho giới chức quản lý động vật hoang dã ở nhiều nước. Săn bắt, với nhiều tác động gián tiếp như làm xáo trộn, tăng khoảng cách trốn chạy và kết quả làm giảm không gian sống hiệu quả, là những yếu tố quan trọng nhất đe dọa sự sống còn của Sơn dương núi Pakistan.[27] Những loại săn trộm phổ biến nhất dường như là cư dân địa phương, bảo vệ biên giới tiểu bang, sau này thường dựa vào hướng dẫn săn bắt địa phương, và người Afghan, vượt biên trái phép. Săn trộm gây ra sự phân mảnh số lượng và phân bố khu vực sống thành những đảo nhỏ gồm nhiều quần thể còn lại dễ bị tuyệt chủng.[27] Sơn dương núi Pakistanđược xem như là giải thưởng chiến tích săn bắn trị giá nhằm lấy cặp sừng xoắn ốc cực kỳ hiếm có của loài, điều này đã trở thành mối đe dọa cho loài sơn dương này. Chiến lợi phẩm săn bắn được cho là khi loài quý hiếm hàng đầu bị săn lùng, lúc mà vượt qua cả việc săn thịt làm thực phẩm. Thợ săn nước ngoài có nhu cầu lớn về cặp sừng tuyệt mỹ của sơn dương Markhor, giống như một danh hiệu giải thưởng. Trong những năm 1960 và 1970, sơn dương bị đe dọa nghiêm trọng bởi cả thợ săn nước ngoài và người Pakistan có thế lực. Mãi cho đến những năm 1970, Pakistan đã thông qua một đạo luật bảo tồn và phát triển ba loại khu vực bảo vệ. Thật không may, tất cả các biện pháp bảo vệ sơn dương Markhor đã thực hiện không đúng. Sự suy giảm liên tục của quần thể sơn dương cuối cùng đã được cộng đồng quốc tế chú ý và trở thành một mối quan tâm.[28] Ngoài săn bắt, Sơn dương núi Pakistan cũng bị đe dọa nghiêm trọng do mất môi trường sống, xung đột vũ trang và cạnh tranh thức ăn với vật nuôi bản địa.